Die Erlanger Christliche Archäologie unterhält verschiedene Lehr- und Forschungskooperationen.

Lehrpartner sind u.a. die Ludwig Maximilians-Universität München, die Johannes Gutenberg-Universität Mainz und der Deutsche Palästina-Verein.

Forschungs- und Infrastrukturkooperationen bestehen mit dem Deutschen Archäologischen Institut, der Universität zu Köln, Kulturerbeeinrichtungen sowie verschiedenen Partnerinstitutionen der Bayerischen Landeskirche.