Unter der Fachbezeichnung „Christliche Archäologie“ versteht sich der Erlanger Lehrstuhl dezidiert in einer Mittlerposition zwischen den theologischen und den philosophisch-historischen Disziplinen und strebt sowohl in der Lehre als auch in der Forschung eine enge Zusammenarbeit mit der Geschichte, der Kirchengeschichte, der Kunstgeschichte und den anderen archäologischen, theologischen und religionsbezogenen Disziplinen an. Nur in einem solchen interdisziplinären Kontext lassen sich Fragen wie etwa jene nach den Auswirkungen von Religionswechseln auf die (materielle) Kultur einer Gesellschaft, nach der „Heiligkeit“ von Bildern und Räumen oder nach dem Verhältnis von religiöser und profaner Kunst kompetent erarbeiten.

War das Fach „Christliche Archäologie“ vor allem in seinen universitären Anfängen stark durch einen vornehmlich positivistischen Ansatz geprägt, der sich in der Edition von Corpus-Werken etwa der frühchristlichen Sarkophage oder der spätantiken Elfenbeinarbeiten äußerte, so werden in jüngerer Zeit verstärkt kulturanthropologische Fragestellungen aus den Nachbarfächern an die frühchristliche Monumente herangetragen und diese dadurch in einen größeren Diskurs eingebunden, was auch erklärtes Ziel des Erlanger Lehrstuhls für Christliche Archäologie ist.

In der Auseinandersetzung mit transkulturellen und -religiösen Phänomenen untersucht insbesondere die Erlanger Christliche Archäologie in jüngerer Zeit auch Regionen jenseits des Mittelmeerraums (z. B. materielle Zeugnisse christlicher Kultur im Mittleren und Fernen Osten, multireligiöse Raumnutzungen, Hybridisierungsprozesse in der visuellen Kultur). Der konstante interdisziplinäre Austausch mit den Nachbardisziplinen ist daher Voraussetzung und auch Ergebnis aktueller christlich-archäologischer Forschung.